提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
中国优化完善集中供地政策******
中新社北京2月3日电 (记者 庞无忌)日前,一份《关于进一步规范住宅用地供应信息公开工作的通知》截图在网络流传。自然资源部3日向中新社记者证实,该文件是自然资源部印发的,对地方住宅用地供应工作进行指导的文件。不是要取消集中供地制度,而是优化完善集中供地政策。
这份通知中有部分政策调整引发市场关注。其中要求,各市、县自然资源部门根据年度供地计划,分批次公开未来一定时间段内拟出让地块的详细清单,给市场主体充足的时间预期预判。此外,通知指出,详细清单内的地块,在公开的拟出让时间段内可以一次或多次发布出让公告,有序组织出让,并在公开的拟出让时间段内全部推出。
有部分媒体将之解读为取消集中供地制度。对此,自然资源部表示,不是要取消集中供地制度,而是优化完善集中供地政策,更好发挥充分公开披露信息对于稳定和引导市场预期的积极作用。
2021年,自然资源部发布通知,要求重点城市要对住宅用地集中公告、集中供应。按照规定,原则上发布出让公告全年不超过3次。
广东省城规院住房政策研究中心首席研究员李宇嘉指出,集中供地模式刚推出时,主要是应对当时高地价及新一轮楼市上涨。随着市场走势变化,供地规则适时优化调整是应有之义。2022年,已有部分城市增加了土地供应批次,全年集中供地的次数超过3次。
李宇嘉指出,集中供地是长效机制,不能因市场低迷就退出。此次调整是集中供地由“1.0”升级到“2.0”阶段。“1.0”阶段应对开发商加杠杆炒地,“2.0”则意味着精细化、透明化供地。要注意,此次对集中供地的完善,最重要的就是供地计划和信息。
此番通知也明确,让市场主体和消费者全面掌握土地供应状况,作出理性判断,避免因信息不对称引发无序竞争和资源浪费。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)